Fogafín cuenta con diferentes sistemas de gestión basados en procesos, los cuales contribuyen al cumplimiento de los objetivos y metas de la Entidad. 

Los sistemas de gestión son los siguientes:

• El Sistema de Gestión de Calidad, basado y certificado bajo los requisitos que establece la Norma ISO 9001, los cuales buscan incrementar la satisfacción de los clientes y usuarios de Fogafín.
• El Sistema de Gestión de Seguridad de la Información, basado y certificado bajo los requisitos establecidos en la Norma ISO 27001, el cual busca mantener la confidencialidad, integridad y disponibilidad de la información.
• El Sistema de Gestión Ambiental, basado y certificado bajo los requisitos establecidos en la Norma ISO 14001, que busca la implementación y mejora de actividades encaminadas a mitigar los impactos ambientales producidos en el desarrollo de las actividades de Fogafín.
• El Sistema de Gestión de Seguridad y Salud en el Trabajo, que busca identificar peligros, evaluar sus riesgos e implementar controles en materia de Seguridad y Salud en el Trabajo dentro del proceso de mejoramiento continuo.
• El Sistema Gestión de Riesgos, basado en la Norma ISO 31000 y que permite identificar, medir, controlar y monitorear los riesgos de la entidad, de forma permanente.